Awalnya, Kantor Imigrasi Kelas II TPI Kuala Tungkal berfungsi sebagai Tempat Pemeriksaan Imigrasi (TPI), sementara Pos Imigrasi Muara Sabak di wilayah Kabupaten Tanjung Jabung merupakan bagian dari wilayah kerja Kantor Imigrasi Jambi. Perubahan status Kantor Imigrasi Kelas II TPI Kuala Tungkal menjadi Kantor Imigrasi Kelas III terjadi berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor M.01-PR.07.04 tahun 1986 dan Keputusan Menteri Kehakiman Nomor A.2716-KP.04.04 tahun 1988, tanggal 19 Desember 1988. Pada awalnya, kantor ini memiliki lima pegawai, terdiri dari satu Kakanim dan empat pegawai lainnya. Dalam satu tahun, jumlah pegawai bertambah menjadi delapan orang.

Pada tanggal 31 Januari 1989, Pos Imigrasi Muara Sabak diserahkan oleh Kantor Imigrasi Jambi kepada Kepala Kantor Imigrasi Kelas III Kuala Tungkal karena pos tersebut menjadi bagian dari wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas III tersebut. Pada tanggal 19 Agustus 2004, melalui Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Nomor M.05-PR.07.04 tahun 2004, Kantor Imigrasi Kelas III Kuala Tungkal ditingkatkan status kelasnya menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Kuala Tungkal.